Zowel de katholieken als de protestanten maakten zich schuldig aan oorlogsmisdaden. Beide partijen vermoorden op grote schaal leden van de andere partij wanneer deze zich al had overgegeven. De opinie van de bevolking werd hierdoor beïnvloed.
Wanneer de bevolking van bepaalde steden te horen kreeg van de gruwelijkheden van een bepaalde actie van de katholieken dan konden ze uit protest voor de protestanten kiezen. Andersom gebeurde ook.
De Nederlandse bevolking raakte zo verdeeld en vocht voor een groot deel ook tegen elkaar. Wederzijdse wraakacties kwamen regelmatig voor en zorgden er voor dat de situatie in Nederland op een burgeroorlog begon te lijken.
Ook roddel en propaganda zorgden voor de nodige opschudding. Er heerste een sfeer van wantrouwen tussen de inwoners van Nederland. Sommigen sloten zich aan bij de bezetter om de andere partij een lesje te leren. De voortgang van de oorlog werd hierdoor beïnvloed.