De Spaanse troepen begonnen steeds meer gebied te verliezen en ook in de Spaanse gelederen nam de spanning toe. In 1645 verloren de Spanjaarden enkele steden aan de Franse troepen. Frederik Hendrik kwam na een veldslag in bezit van het Vlaamse Hulst. In 1646 wilde Frederik Hendrik Antwerpen wederom aanvallen en hij sloeg opnieuw het beleg op rondom deze stad. De Nederlandse legerleiding kon echter niet op twee plaatsen tegelijk zijn.
Nederland werd ondertussen in het zuiden aangevallen door de Fransen. De Franse troepen konden enkele steden in het zuiden van Nederland veroveren, waaronder de plaatsen Duinkerke en Kortrijk. In 1647 kwam de Nederlandse bevelhebber Frederik Hendrik te overlijden.
Frederik Hendrik werd opgevolgd door de stadhouder Willem II. Ook Spanje stelde nieuwe leiding aan voor het zuiden van Nederland. Dit werd de aartshertog Leopold van Oostenrijk. Leopold was nu de nieuwe Spaanse landvoogd voor het Nederlandse gebied dat onder het bewind stond van Spanje. Hij had echter een moeilijke positie tussen de Fransen en Nederlanders.