Ondanks het bondgenootschap tussen Nederland en de Franse hertog ging de oorlog tegen Spanje gewoon door. De hertog van Parma viel Oudenaarde aan en veroverde deze op 4 juli. In de herfst van 1582 kwam er echter verandering in het lot van de Nederlandse bevolking.
Er werden extra troepen aangetrokken die voornamelijk uit huurlingen bestonden. Deze huurlingen kwamen vooral uit Zwitserland. In totaal kwamen er zo’n 10.000 soldaten om de Nederlanders te versterken. Ondertussen ontstond er een machtsstrijd tussen de Franse hertog Anjou en Willem van Oranje. De Franse hertog wilde meer macht en was jaloers op de populariteit van zijn Nederlandse bondgenoot.
Anjou besloot daarom om een aanval op de Nederlandse stad Antwerpen te ondernemen en ook andere steden in de Brabantse provincie werden door zijn Franse troepen aangevallen. Op 17 januari 1583 wist hij binnen Antwerpen te komen en hij hoopte daar zijn gezag te bevestigen met steun van zijn legers.
De Nederlandse bevolking was echter trouw aan Oranje en vond de houding van de Franse hertog niet acceptabel. Ze besloten zich gewapenderhand te verzetten. De Fransen vertrokken uit de stad en hun positie werd er in Nederland niet beter op. Veel Nederlanders wilden niets meer met de verraderlijke Fransen te maken hebben. Er werd een verzoeningspoging ondernomen maar deze was mislukt.
De Franse hertog Anjou verliet samen met zijn troepen Nederland in juni 1583. Hierdoor werd de legermacht van de opstandelingen in Nederland verzwakt. De hertog van Parma kon zodoende enkele Vlaamse kuststeden veroveren. Brugge, Gent en de stad Ieper vielen in zijn handen.
In september van het jaar 1583 werd de stad Zutphen ook door zijn legers veroverd. De hertog van Anjou overleed op 10 juni van het jaar 1584. Dit zorgde voor nieuwe mogelijkheden om onderhandelingen te starten tussen Nederlandse protestanten en de protestanten uit Frankrijk. Er deed zich echter een zeer kwalijk voorval voor dat deze onderhandelingen op de lange baan zou schuiven.